A Secretaria de Estado da Agricultura Familiar (SEAF) tem sua estrutura organizacional constituída das seguintes unidades:
I - Conselho Estadual de Desenvolvimento Rural Sustentável (CEDRS);
II - Secretário de Estado da Agricultura Familiar;
III - Secretário Adjunto;
IV - Gabinete do Secretário;
V - Diretorias;
VI - Ouvidoria;
VII - Consultoria Jurídica;
VIII - Núcleos;
IX - Coordenadorias; e
X - Gerências.